Lara on saapunut Kalkuttaan jossa hän tapaa Jacqueline Natlan internetin välityksellä ja saa tältä työtarjouksen. Laraa pyydetään etsimään Perusta aarre nimeltä "Scion" ja toimittamaan se Natlalle. Tarjous kuulostaa Larasta houkuttelevalta koska hän pääsee käyttämään taitojaan ja kuntoilemaan, joten hän ottaa tehtävän vastaan.

Matka alkaa perun kylmiltä vuorilta, joissa piilee Inka temppeleitä ja monia vaaroja. Urheana Lara kiipeää vuorilla oppaansa kanssa, mutta pian sattuu onnettomuus ja opas joutuu susien syötäväksi. Se ei kuitenkaan estä Laraa jatkamasta matkaa yksin kohti hiljaisia, kylmiä ja pelottavia luolia.
Sudenjälkiä seuraten Lara saapuu hylättyyn Vilcabamban kylään, jossa hänen täytyy etsiä avaimia edetääkseen syvemmälle luoliin.
Pian hän löytääkin kadonneen laakson, jossa verenhimoiset velociraptorit ovat valmiina syömään jokaisen ulkopuolisen. Laran ammuttua velociraptorit, alkaa maanpinta tärähdellä, ja hänen kauhukseen kulman takaa ilmestyy T-Rex ! Se on haastava saada tapettua, muttei kuitenkaan liian haastava Laralle, joka jatkaa taistelun jälkeen matkaa kohti Qualopecin hautaa.

Syvällä haudan piiloissa piilee Scion, jonka saamiseksi on kuitenkin Laran tehtävä lisää töitä, sillä hänen täytyy etsiä vipuja jotta saisi avattua kolme porttia. Niiden avattua Lara saa viimeinkin Scionin itselleen, mutta sen pois ottaminen aiheuttaa maanjäristyksen ja hauta alkaa sortua Laran yläpuolella, hänen täytyykin juosta vauhdilla ulos ennen kuin kivet tipahtavat hänen niskaan. Päästyään ulos haudasta, Laran vastassa onkin vieraita, Larson, joka paljastaa että Scionin palasia onkin useampi kuin yksi.

Lara lähtee aarre mukanaan New Yorkiin Natlan toimistoon etsimään lisää tietoa muista palasista, ja saa selville sen, että seuraava osa sijaitsee Kreikassa St. Francisin alapuolella Tihocanin haudassa.

Lara nousee vuoren huipulle jossa St. Francis sijaitsee, ja heti astuttuaan temppelin sisää, tulee vastaan kaksi nälkäistä leijonaa joiden suunitelma päivällisestä ei kuitenkaan toteudu, Laran ammuttua ne. Pian Lara kohtaa miehen nimeltä Pierre, joka yrittää ampua Laran, mutta piiloutuu kuitenkin pian. Pitkän matkan jälkeen, Kolosseumissa, Viemäreissä ja Midaksen Palatsissa vierailun jälkeen Lara pääsee vihdoinkin Tihocanin haudalle, jossa hän saa toisen Scionin osan itselleen.
Lara kokeilee yhdistää molemmat Scionin palaset jolloin hän näkee näyn menneisyydestä, ja saa vihjeen viimeisen Scionin olinpaikasta.


Löydettyään toisen osan, matka jatkuu kohti Egyptin vaarallisia temppeleitä, joita vartioi Atlantiksen mutantit ja mustat pantterit. Monien ansojen ja vaaratilanteiden jälkeen Lara löytää viimeisen Scionin pyhäkön. Saatuaan viimeisenkin Scionin palasen Lara lähtee ulos temppelistä, mutta ulkopuolella häntä onkin vastassa itse Natla ja hänen apurinsa, jotka koittavat ampua Laran. Pienen kamppailun jälkeen hän onnistuu pääsemään pakoon hyppäämällä kanjoniin. Lara seuraa Natlaa ja pääsee salamatkustajaksi hänen veneeseen jonne hän nukahtaa.

Myöhemmin Lara herää ja seuraa Natlaa Atlantiksen saarelle, jossa hän etsii tiensä pyramidin sisäänkyännille. Päästyään lopulta pyramidin sisään, Lara huomaa ettei siellä olekkaan niin helppo edetä kuin olisi voinut kuvitella, sillä Natlan luomat mutantit koittavat tehdä kaikkensa estääkseen Laran kulun. Lopulta hän kuitenkin onnistuu pääsemään ylimmälle tasolle jossa kaikki kolme Scionia ovat paikoillaan pitämässä pyramidia päällä.

Lara kokeilee ottaa Scioneja, mutta koskettaeessa näkee näyn jossa paljastuu mitä tapahtui Atlantiksen valtakunnalle menneisyydessä. Se paljastaa Natlan olevan yksi kolmesta Atlantiksen hallitsijoista, joka kuitenkin kääntyi muita vastaan jonka vuoksi hänet jäädytettiin.
Näyn loputtua Lara aikoo ampua Scionit keskeyttääkseen Natlan pahat suunitelmat, mutta Natla kuitenkin tönäisee Laran kielekkeeltä alas tippuen itse laavaan, mutta Lara selvityy. Hänen täytyy ampua jättimäinen jalaton mutantti, jatkaakseen matkaa takaisin tuhotaakseen Scionit ja Natlan suunitelmat.
Pian Lara saa ammuttua Scionin palaset jonka seurauksena koko pyramidi alkaa sortua, ja Laran täytyy paeta kiireesti ulos.
Juuri ennen ulospääsyä tulee puoliksi mutaatioitunut Natla, jota Lara ei sääli vaan ampuu hänet lopullisesti kuoliaaksi, ja pääsee viimeinkin pakenemaan ulos Atlantiksesta pelastaen maailman samalla.