Jossain päin Egyptin kuumia aavikoita, matkaa kaksi hahmoa kameleilla. Toinen heistä on seikkailunhimoinen nainen, Lara Croft ja toinen hänen oppaansa Ahmed. He ovat tutkimusmatkalla tavoitteena löytää Sethin hauta. Päästyään viimeinkin haudan sisäänkäynnille, Lara vetää vipusta jolloin maa sortuu heidän allaan ja Lara ja hänen oppaansa liukuvat alas pimeään että vaaralliseen kauan kadoksissa olleeseen Sethin hautaan. Lara ja Ahmed etenevät syvemmälle pimeitä luolia kunnes Laran opas jättää tämän yksin luolille. Lara päättäväisenä etenee yksin entistä syvemmälle temppeliä ja löytää haudan jonka päällä makaa Ankh - niminen amuletti. Lara kiinnostuu tuosta muinaisesta avaimesta ja ottaa itselleen jolloin tulee vapauttaneeksi huomaamatta Sethin -sekasorron ja kaaoksen Jumalan.

Päästyään ulos haudasta, Lara lukee Ankhiin kaiverrettua tekstiä samalla kun taivas alkaa pimentymään ja tuuli villiintyy. Samassa miehiä tulevat jeepillä Laran luo pahoin aikein, ja Laran täytyy puolustaa itseään pistooleilla ja lähteä seuraamaan heitä Kuninkaiden Laakson läpi. Lara onnistuu pakenemaan miehiä joella olevalle lautalle. Lara suuntaa ystävänsä, Jean-Yvesin kotia kohti esittelemään saamaansa amulettia. Jean-Yves kertoo Laran löytäneen legendaarisen Horuksen amuletin, ja kertoo Laran vapauttaneen Sethin, eikä se tiedä hyvää.

Lara jatkaa jeepillä matkaansa kohti Karanakin temppeliraunioita joiden kautta myös löytää tavan päästä Semerekhetin pimeään hautaan jossa Laraa vaanii mystinen olento. Lara jättää Ankh - Amuletin haudan sisäänkäynnille ja lukee seinillä olevia hieroglyfejä kun yhtäkkiä kuulee vanhan tutun äänen. Se on Von Croy. Tämä kysyy Laralta onko häneltä jäänyt jotain huomaamatta, ja vetää amuletin seinästä jättäen Laran sisälle hautaan. Von Croyn ihailleessa amulettia ulkopuolella, herää hänen vierellään oleva patsas eloon hetkeksi ja Seth hohtaa punaisena.

Lara tietää ettei hän voi lannistua, vaan alkaa tutkimaan vaarallista Semerkhetin hautaa. Hän pääsee jopa pelaamaan itse Semerkhetiä vastaan jättimäistä Semet peliä. Voitettuaan pelin, Lara jatkaa syvemmälle hautaa. Hän löytää kirjoituksen jossa Sethin vapauttajaa käsketään kutsumaan Auringon Jumalan, Horuksen, jonka valon voima sulkee Sethin takaisin vankeuteen, ja Amuletin sekä Haarniskan voimalla, on Seth tuomittu vankeuteen iankaikkisesti. Lara pääse uloskäynnille josta löytää petturioppaansa, Ahmedin. Lara uhkaa häntä pistooleilla ja kysyy määränpäätä mihin Von Croy on matkalla. Ahmed kertoo hänen menevän Alexandriaan, ja Lara hyppää jäniksenä junan kyytiin kohti kaupunkia, samalla kun mystinen peto hyökkää Ahmedin kimppuun.

Lara menee Jean-Yvesin toimistolle pyytämään lisää neuvoja. Jean hämmästyy Laran yllättävästä visiitistä ja kertoo väsyneelle Laralle ettei nyt ole aikaa levätä, vaan pitää toimia nopeasti. Jean kertoo Kleopatran löydetystä temppelistä, ja siitä kuinka Kleopatra tajusi Horuksen haarniskan merkityksen ja tuoneen sen turvaan, palasina. Jean kertoo myös, että katakombit Alexandrian alla vievät Kleopatran temppelille ja hänen miestensä löytäneen suuren kadonneen kirjaston.

Lara matkaa läpi Isiksen ja Poseidonin temppeleiden ja suuren kadonneen kirjaston kohti Kleopatran koskematonta sekä upeaa temppeliä. Hän löytää sieltä kaksi Horuksen haarniskan osaa ja palaa Jean-Yvesin luo mutta löytää vain kirjeen pöydältä jossa Von Croy kertoo kidnapanneen Jean-Yvesin ja ovat matkalla kohti Kairoa. Samaan aikaan Von Croy istuu autossaan kun yhtäkkiä kaukaa ilmestyy suuri heinäsirkka parvi auton päälle ja Seth näyttäytyy Von Croyn ruumiissa.

Lara matkaa läpi Kuolleiden Kaupungin kohdaten lukemattoman määrän Von Croyn sotilaita ja mystisiä Sethin olentoja joista yksi syöksee tulta. Lara löytää vihdoin linnoituksen jonne Jean-Yves on sidottu pilariin kiinni. Lara vapauttaa hänet ja Jean helpottuneena kertoo Laralle että Von Croy kaivaa kammiota esiin saadakseen seremonialaatan esiin.

Kammioissa Lara tapaa Von Croyn joka pyytää haarniskaa itselleen. Lara kysyy, että mitä hän siitä hyötyisi? Von Croy lupaisi Laralle suuret uskomattomat voimat ja mahdollisuuden hallita kuolemaa ja elämää. Lara kieltäytyy tarjouksesta ehdottomasti ja pakenee ottaen amuletin itselleen ja sulkee Von Croyn huoneeseen. Matka etenee kohti Gizan suuria pyramideja tavoitteena löytää Horuksen temppeli.

Laralla on nyt kaikki tarvittava mukanaan voidakseen vangita Sethin uudelleen. Hän pääsee viimein Suuren Pyramidin alapuolelle jossa piilee Horuksen temppeli. Lara asettaa haarniskan ja amuletin viimeistellen seremonian ja kutsuu Horuksen. Taivaalle muodostuu kirkas ja upea valohaukka sukeltaa pyramidin sisään ja iskeytyy Horuksen patsaaseen herättäen Jumalan henkiin, ja siinä samassa suuri parvi heinäsirkkoja tunkeutuu tunneleista sisään kohti Horusta. Jumala räjähtää ja amuletti lentää veteen ja Seth nauraa. Hän kertoo että Seth on se joka hallitsee maailmaa jälleen kerran, eikä kukaan muu. Hän käskee Laraa polvistumaan edessään, mutta Lara ei suostu vaan hänen on korjattava tekemänsä vahingon ja etsii kadonneen amuletin. Löydettyään sen, hän kiipeää ylös jossa piilee mekanismi johon Lara asettaa amuletin. Ovi sulkeutuu hänen edessään sulkien Sethin huoneeseen, ja temppeli alkaa sortua Laran yläpuolella.

Lara kiirehtii uloskäynnille ettei jää murskatuksi.

Aurinko nousee, ja Lara ontuu pyramidin uloskäynnillä hengästyneenä. Tunneli on romahtamassa hänen allaan. Oviaukkoon ilmestyy musta varjo. Se on Von Croy, palannut ennalleen.

Croy: Nopeasti tyttöseni, ennen kuin tunneli romahtaa!

Lara: Tulit takaisin, Werner? Ei enää Sethiä?

Croy: Ei ole aikaa! Kätesi Lara, anna kätesi!

Lara kiirehtii ulos mutta lattia romahtaa hänen allaan. Onneksi Lara saa kiinni reunasta.

Croy: Ota käsistäni! Voin vetää sinut turvaan!

Lara: Ihana nähdä sinua taas, Werner...

Croy: En voinut jättää sinua!

Ja siinä samassa temppeli romahtaa Laran yläpuolella ja Werner kiirehtii ulos jättäen Laran. Hän kääntyy hautaa päin, laskee hattunsa ja kumartaa.